Для приобретения жилья организация предоставила работнику материальную помощь. Согласно дополнительному соглашению к трудовому договору работник был обязан отработать три года, а в случае досрочного увольнения матпомощь должна быть возвращена организации пропорционально отработанному времени.

Работник уволился до истечения трехлетнего срока, вернул часть суммы материальной помощи, уменьшенной на сумму удержанного НДФЛ. Таким образом, у налогового агента образовалась переплата НДФЛ.

В письме от 17.10.2012 N 03-04-05/10-1198 Минфин разъяснил, что в этом случае организация может вернуть переплату себе в порядке ст. 78 НК, которой установлен порядок зачета или возврата сумм излишне уплаченного налога.