Письмо ФНС России от 21.11.2012 N АС-4-2/19576 содержит подробные разъяснения аспектов применения уточненных налоговых деклараций. Во-первых, ФНС напомнила, что в соответствии с НК уточненка подается всегда по инициативе налогоплательщика в случае, если он обнаружил неполноту или недостоверность сведений в первоначальной декларации. Если ошибки привели к неполной уплате налога, подать уточненку он обязан, а если - к переплате, то он имеет право подать или не подать.

В любом случае, НК не предусматривает права или обязанности налогоплательщика представить уточненную налоговую декларацию по нарушениям, выявленным налоговым органом. Порядок заполнения декларации по НДС или по налогу на прибыль прямо предусматривают, что при перерасчете налогоплательщиком (налоговым агентом) сумм налога не учитываются результаты налоговых проверок за тот налоговый период, по которому плательщиком производится перерасчет.

В резолютивной части решения о привлечении (об отказе в привлечении) к ответственности за совершение налогового правонарушения содержится предложение налогоплательщику внести необходимые исправления в документы бухгалтерского и налогового учета. Однако это не означает необходимость представить уточненные налоговые декларации. Такая формулировка в решении налогового органа использоваться не должна.

Однако при этом НК не ограничивает во времени возможность подачи уточненки, в том числе она может быть подана и после окончания налоговой провверки. В свою очередь, уточненка может быть проверена как в рамках камеральной проверки, так и в рамках выездной. Налоговики должны при этом смотреть не только на итог, полученный в результате уточнения, но и на все показатели, подвергшиеся изменению.

Если уточненная декларация предоставлена во время проведения выездной проверки за тот же период, то в общем случае ее не надо отдельно проверять камерально. Исключения составляют только два случая - появление по уточненке НДС или акциза к возмещению. В этих случаях проводится еще и камеральная проверка уточненки. При этом такая камералка производится автоматизированно, а протоколы неувязок используются в ходе проводящейся выездной проверки. Кроме того, если налоговики не успевают проверить уточненную декларацию (любую) во время выездной проверки (если она подходит к концу в момент подачи уточненки), то проводится отдельная камеральная проверка уточненной декларации.

Если уточненка подана во время камералки первичной декларации, то проверка первичной прекращается и начинается новая по уточненной. Однако документы или сведения, полученные ИФНС в ходе проверки первичной деклароации, могуть использоваться и при дальнейших проверках. При отправке уточненной налоговой декларации (расчета) по почте днем ее представления считается день, следующий за датой получения налоговым органом соответствующего почтового отправления с описью вложения.

Если уточненная декларация (расчет) представлена после окончания камеральной налоговой проверки первичной (предыдущей) налоговой декларации (расчета), но до составления либо вручения (направления) налогоплательщику акта камеральной проверки первичной декларации (расчета), налоговый орган вправе не составлять данный акт либо не вручать (направлять) акт проверки первичной декларации (расчета).

При этом если декларировался НДС к возмещению, а по уточненке его сумма уменьшена, то возмещается сумма с учетом уточнения и только по тем операциям, в отношении которых у проверяющих не появились претензии ( вероятно - при проверке первоначальной декларации, хотя этот нюанс обозначен в письме не очень четко).

Если уточненная налоговая декларация (расчет) представлена после вручения (направления) налогоплательщику акта камеральной налоговой проверки первичной декларации либо акта выездной налоговой проверки, но до вынесения решения по ее результатам, то налогоплательщик может внести исправления в декларацию:
а) с учетом нарушений, отраженных в акте налоговой проверки (полностью или частично);
б) не связанные с нарушениями, установленными по результатам налоговой проверки, по которым одновременно им представлены подтверждающие документы или такие документы не представлены.

При этом налоговый орган с учетом объема и характера уточняемых сведений, вправе вынести решение без учета данных уточненной декларации, и может назначить проведение повторной выездной проверки в части уточненных данных. Показатели уточненной налоговой декларации учитываются при вынесении решения по результатам проверки только при условии, что вносимые налогоплательщиком изменения налоговым органом проверены и подтверждены документально. Если уменьшена сумма НДС или акциза к возмещению, то возмещение производится с учетом корректировок.

Если уточненка представлена уже после вынесения решения по проверке первичной декларации, то ФНС рекомендует налоговым органам руководствоваться своим письмом под грифом "ДСП" (отсутствующем в правовых системах).