В нарушении одного из положений внутреннего приказа о раздельном учете налоговики увидели повод заявить об отсутствии раздельного учета. Суд указал на их неправоту. Кроме того, налоговый орган не должен производить доначисления при наличии переплаты по тем же налогам и основаниям.

Федеральный арбитражный суд Центрального округа принял кассационное постановление по делу № А48-800/2012, в котором интересны два эпизода.

Предприниматель вел как розничную, так и оптовую торговлю стройматериалами, применяя соответственно ЕНВД наряду с общей системой. Налоговая, проведя проверку, доначислила налоги по общей системе, ссылаясь на отсутствие раздельного учета. Однако суды установили, что реальная причина этого - нарушение работниками предпринимателя или самим ИП некоторых положений внутреннего приказа, принятого им. В частности, в приказе было прописано, что по оптовой деятельности не должно быть остатков товаров, это правило и нарушалось. Суд указал, что это не может рассматриваться как искажение учета предпринимателя. При этом само наличие данного приказа (приказ "О раздельном учете доходов и расходов по ОСН и ЕНВД") говорит о ведении раздельного учета.

В соответствии с данным приказом показатели книги учета доходов и расходов, книг покупок и продаж учета используются только для исчисления налогов по общей системе налогообложения. Также с целью учета реализации товаров в рамках налогообложения ЕНВД предпринимателем велась книга кассира-операциониста, товарные отчеты и реестры прихода товаров. ФАС ЦО, рассмотрев указанные книги, решил, что раздельный учет предпринимателем надлежащим образом оформлен.

Второй эпизод, достойный упоминания, связан с тем, что данный ИП арендовал муниципальную недвижимость и являлся налоговым агентом по НДС в связи с этим. В некоторых кварталах он перечислял НДС по этому основанию в меньшем размере, а в некоторых - в большем. В общей сложности сумма переплат превысила сумму недоимок. Однако налоговики без учета переплат доначислили НДС в размере выявленных по итогам отдельных кварталов недоимок, к тому же, начислили пени и штрафы. Суды (включая кассацию) указали на неправомерность таких действий налогового органа и отменили его решение.