В письме от 18 декабря 2012 г. N ЕД-4-8/21578@ ФНС сообщила о порядке действий в ситуации, когда решение об обоснованности возмещения НДС принял один налоговый орган, но не возвратил НДС, поскольку налогоплательщик сменил место регистрации и встал на налоговый учет в другом налоговом органе.

Налоговый орган по новому месту постановки налогоплательщика на учет на основании и в порядке, предусмотренном пунктом 8 статьи 176 НК, должен оформить поручение на возврат суммы налога и направить его в территориальный орган Федерального казначейства в виде заявки на возврат.

Так же, если вступило в законную силу решение суда, обязывающее конкретный налоговый орган произвести возврат НДС, налоговый орган по новому месту постановки налогоплательщика на учет на основании этого решения суда и в порядке, предусмотренном пунктом 7 статьи 176 НК, принимает решение о возврате суммы налога и направляет поручение на возврат суммы НДС, аналогично порядку исполнения решения о возврате суммы налога.

При этом "новый" налоговый орган уведомляет налогоплательщика о фактическом исполнении решения суда. В том случае, если было возбуждено исполнительное производство, то ИНФС по новому месту учета уведомляет судебного пристава о произведенных действиях за налоговый орган, указанный в судебном акте.