Согласно подп. 16 п. 3 ст. 149 НК РФ научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, выполняемые за счет средств бюджетов, НДС не облагаются. Основанием для освобождения от НДС может являться договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, а также письменное уведомление (справка) заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей о выделенных бюджетных средствах для оплаты указанных работ.

Письмо Минфина России от 11.10.2012 № 03-07-07/409.