Cуммы НДС по товарам (работам, услугам), имущественным правам, приобретенным для осуществления операций, облагаемых НДС, подлежат вычету. При этом тот факт, что товары, работы, услуги были оплачены за счет субсидий из областного бюджета и соответственно, НДС был уплачен за счет этих же средств, значения не имеет.
На это указывает Минфин России в письме от 02.11.12 № 03-07-11/475.