Налоговая изменила метод раздельного учета входного НДС и доначислила 7 млн. рублей. Возражения налогоплательщика, пересчитавшего "входной" НДС по примененному инспекцией методу, и в итоге получившего меньшую сумму доначисления, суд не принял к рассмотрению. Суд также указал, что налоговая проверяет, а не учит правильному ведению бухгалтерского и налогового учета.

ФАС Северо-Западного округа 04 октября 2012 г. вынесено кассационное постановление по делу № А05-7107/2011 о раздельном учете НДС.

При проведении проверки инспекцией установлено, что предприниматель осуществлял деятельность, подразумевающую раздельный учет НДС:

• услуги по ремонту и техобслуживанию товаров в течении гарантийного срока ( не облагаются  НДС согласно пп. 13 п. 2 ст. 149 НК РФ);
• розничную торговлю, бытовые услуги населению (ЕНВД);
• оптовую торговлю;
• сдачу внаем собственного нежилого недвижимого имущества;
• производство, ремонт и обслуживание ЭВМ, офисных машин и прочего оборудования для обработки информации.

Учетная политика, утвержденная распоряжениями предпринимателя на 2007-2009 гг., определяла метод учета «входного» НДС: «при одновременном использовании при осуществлении облагаемых и необлагаемых операций, принимать к вычету либо учитывать в стоимости в той пропорции, в которой они используются для соответствующих операций. Указанную пропорцию определять исходя из стоимости отгруженных товаров (работ, услуг), в общей стоимости за налоговый период».

В связи с этим «входной» НДС распределялся ИП пропорционально облагаемым доходам в общей сумме доходов, при определении пропорции использовались показатели дохода с учетом НДС.

Инспекция  в ходе проверки приняла методику налогоплательщика, но при расчете пропорции доходы взяла без учета НДС для обеспечения сопоставимости показателей, что, соответственно, повлекло изменение пропорции облагаемых и необлагаемых доходов, а именно увеличились необлагаемые обороты и, как следствие, уменьшился НДС, подлежащий вычету.

Налоговая аргументировала перерасчет следующими доводами.

Из пояснений ИП и свидетелей, а также из характера его деятельности следует, что в момент покупки (оприходования) ТМЦ было невозможно определить, каким образом они будут использованы: в операциях по реализации с НДС (опт),  или в операциях, не подлежащих налогообложению (розница).

Главный бухгалтер в своих показаниях пояснила, что по итогам каждого месяца формировался отчет о проданных компьютерах с указанием себестоимости комплектующих и продажной стоимости. Под сумму себестоимости подбирались счета-фактуры, накладные, где были отражены комплектующие.

Следовательно, фактически применялись положения третьего абзаца п. 4 ст. 170 НК РФ (по мере получения (подбора) счетов-фактур).

Но, так как невозможно было определить, из какой партии были использованы комплектующие на производство, следовало применять положения четвертого абзаца п. 4 ст. 170 НК РФ (пропорционально выручке).

То обстоятельство, что после налоговой проверки ИП произвел перерасчет НДС по методике налоговиков, и представил результаты расчета в суд, на решении не отразилось. Причина в том, что в рамках данного дела оспариваются результаты конкретной проверки по ранее поданной декларации. Если в ней не были заявлены те вычеты, которые налогоплательщик представил суду после изменения методики расчета, наличия права на эти вычеты ничего не меняет.

Апелляционный суд поддержал довод инспекции, изложенный в отзыве на жалобу, о том, что в обязанности налогового органа не входит постановка и ведение налогового и бухгалтерского учета налогоплательщика, поэтому она, оценивая законность примененного метода, не вправе устанавливать наиболее оптимальные методы раздельного учета «входного» НДС.

Результатом явилось решение о доплате более 7 млн. руб. НДС.