В разделе "Разъяснения ФНС, обязательные для применения налоговыми органами" на сайте ФНС опубликовано письмо Минфина от 19.11.2012 № 03-07-15/148 (пересланное письмом ФНС от 07.12.2012 № ЕД-4-3/20687@).

Сославшись на правовую позицию, изложенную в постановлении ВАС РФ, ведомство указало: "отсутствие налоговой базы по НДС в соответствующем налоговом периоде не должно являться причиной для отказа в принятии НДС к вычету".

Однако при этом Минфин тут же оговорился, что такой подход "может спровоцировать недобросовестных налогоплательщиков на злоупотребления путем ликвидации организации после получения вычетов налога, уплаченного при приобретении товаров, не используемых в деятельности по производству товаров (работ, услуг), реализация которых освобождается от налогообложения".

Поэтому Минфин порекомендовал в ходе проверок "обращать особое внимание на применение налоговых вычетов в крупных суммах в отсутствие налоговой базы".

Кроме того, по мнению ведомства, указанный подход создает своего рода дискриминацию. Организации, применяющие ненулевые налоговые ставки, оказываются в более выгодных условиях по сравнению с теми, кто применяет нулевую ставку НДС при экспорте, поскольку последние согласно НК могут получить вычет только в том периоде, когда соберут пакет документов, подтверждающих право на нулевую ставку.

Минфин также отметил, что если налогоплательщик руководствовался более ранними разъяснениями ведомства о том, что вычеты применяются в том периоде, когда возникает налоговая база, то налоговики не должны им отказывать в вычете, учитывая новые разъяснения.