Согласно п. 21 ст. 255 "Расходы на оплату труда" НК в целях налогообложения прибыли учитываются расходы на оплату труда работников, не состоящих в штате организации-налогоплательщика, за выполнение ими работ по заключенным договорам гражданско-правового характера (включая договоры подряда), за исключением договоров с ИП.
Минфин в письме от 21.09.2012 г. № 03-03-06/1/495 рассмотрел ситуацию, когда такой договор заключен с сотрудником, нанятым в штат.
Ведомство выразило мнение, что такие расходы могут быть учтены как "другие" прочие расходы, связанные с производством и реализацией, на основании пп. 49 п. 1 ст. 264, в случае, если они обоснованны и документально подтверждены.